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Revue de littérature et référencement Démarrage rapide 2025-01-16T10:03:12+0100 20250116100312 Printemps 2026
Igor Milhit
fr Table des matières
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Objectifs du document

Ce document a pour objectif de préparer la session prochaine, en :

  • Rappelant les bases de :
    • La revue de littérature.
    • La citation et de la bibliographie.
  • Listant les recommandations de la Revue médicale suisse pour les auteurs et autrices.
  • Expliquant l'intérêt de Zotero.
  • Rappelant les principales bases de données pour la recherche de littérature.
  • Listant les liens utiles.
  • Indiquant comment accéder aux services de la bibliothèque.

Il n'est pas long à parcourir et sert de référence.

Le cours en présentiel portera sur la méthodologie de recherche, avec une démo Pubmed et une brève démo de Zotero.

:::{#licence} Logo de la licence CC BY-SA 4.0
CC BY-SA 4.0 --- Sources :::

Liens utiles

Services de la bibliothèque

Sur la page d'accueil de la Bibliothèque, site CMU, se trouvent deux blocs contenant :

  1. Des ressources accessibles en 1 clic.
  2. Une liste de services.

Pour y accéder, le chemin depuis la page d'accueil de l'UNIGE est :

unige.ch / services / bibliothèque / site UNI CMU

Puis, scroller jusqu'à trouver les deux blocs de la capture ci-dessous.

L'autre solution est de chercher via un moteur de recherche unige bibliothèque cmu.

Ressources et services de la bibliothèque

  1. Lien vers PubMed un bouton qui permet de rebondir sur le catalogue de la bibliothèque lorsque l'accès au full text n'est pas possible. (Voir la section PubMed)
    Le lien suivant fonctionne aussi : unige.ch/biblio/pubmed.
  2. Lien vers Embase. Sur abonnement, nécessite soit OpenAthens, soit d'être sur le réseau de l'UNIGE (ou encore d'utiliser un compte Elsevier).
  3. Informations utiles pour accéder aux ressources de la bibliothèque depuis les HUG.
  4. Service d'aide à la recherche. Page proposant beaucoup de documentation, mais aussi un formulaire pour obtenir un rendez-vous pour vous accompagner lors de votre recherche. Le service est très demandé, prévoyez un délai.

Revue de littérature

De façon générale, une revue de littérature est indispensable pour avoir une vision d'ensemble de l'état des connaissances actuelles sur un sujet précis, comme une question clinique.

Elle permet également de situer votre travail dans la continuité des recherches précédentes. Enfin, dans votre contexte, elle constitue le matériel pour la mise à jour d'une stratégie, et pour la rédaction de l'article qui l'accompagne.

Dans le contexte des stratégies de médecine de premier recours, la revue de littérature est la base sur laquelle s'appuient leurs mises à jour.

Citation et bibliographie

La bibliographie de vos publications indique à la fois l'étendue de vos recherches et la qualité de votre papier. Mais celle-ci vous permet de créditer les chercheurs et les chercheuses qui vous précèdent.

Plus directement, les citations et la bibliographie est la méthode essentielle pour éviter le plagiat, ce qui est un des éléments fondamentaux de la démarche scientifique. De la même manière, c'est ce qui permet au public de vos travaux de retrouver vos sources. Par sources, il faut comprendre les documents que vous avez lus et cités.

La façon dont vous insérez des citations, avec leur « appel à citation » et dont vous rédigez les références dans la bibliographie, dépend du style de citation. Il est en général imposé par les éditeurs.

Recommandations de la Rev Med Suisse

La Revue médicale suisse regroupe des recommandations aux auteurs et autrices sur la page « Publier dans la revue » (dans l'entrée de menu « Revue médicale suisse »). Les points 17 et 18 concernent les citations et la bibliographie :

  • Les appels à citation se font selon un style numérique, à l'aide d'un chiffre arabe en exposant, par ordre d'apparition.
  • Les références dans la bibliographie doit suivre le style NLM/Vancouver.
  • Tous les auteurs et autrices doivent être indiquées, mais au maximum 3, en ajoutant et al. après une virgule.
  • Au maximum 15 références, sauf pour une revue de littérature.
  • Si possible 1 ou 2 références en français.

Pour le style Vancouver, vous pouvez consulter :

Mais le mieux est d'utiliser le gestionnaire de références bibliographiques Zotero.

::: {.warning}

La Revue médicale suisse a une charte concernant « l'IA » qui précise les usages admis. La transparence quant à l'utilisation de ces outils est exigée.
La bibliothèque de l'UNIGE met à disposition un guide pour vous aider.

:::

Gestionnaires de références bibliographiques

Un gestionnaire de références bibliographiques est un logiciel qui facilite l'insertion des citations et la rédaction de la bibliographie. Zotero est l'un de ces logiciels, à préférer :

  • Il est gratuit1.
  • Sa licence est « libre » (GPL v3).
  • Il est installable dans le contexte informatique des HUG.
  • Il dispose d'une très large communauté qui met à disposition des extensions mais aussi de l'aide.

Le principe est le suivant :

  1. Récolte des références (livres, articles scientifiques, etc.), le plus souvent sur le web, mais aussi manuellement si nécessaire.
  2. Organisation des références dans Zotero, au moyen de collections et d'étiquettes (marqueurs).
  3. Synchronisation des références avec le site Zotero et d'autres appareils, ainsi que partage de bibliothèques de références avec d'autres personnes pour un travail collaboratif.
  4. Annotation des full texts.
  5. Insertion des citations au moment de la rédaction, avec une gestion automatique des appels de citation.
  6. Génération automatique de la bibliographie, selon un style sélectionné.

Sur le court terme, Zotero facilite la rédaction d'un travail. Sur le long terme, il peut devenir une partie de votre mémoire documentaire.

::: {.warning}

Zotero apporte des gains de temps substantiels, à la condition de le prendre en main dès maintenant. Des formations sont proposées par la bibliothèque :
https://www.unige.ch/biblio/fr/formation/rendez-vous-info-scientifique/zotero.

:::

Pour démarrer, vous avez besoin :

  1. D'installer, depuis la page zotero.org/download :
    1. Le logiciel Zotero.
    2. Un connecteur pour votre navigateur web (Firefox, Safari, etc.).
  2. De vous créer un compte sur zotero.org, pour :
    1. Synchroniser votre bibliothèque de références avec le serveur de Zotero et vos autres appareils.
    2. Travailler à plusieurs sur une bibliothèque de groupe.

Un guide rapide existe sur le site de la documentation en français du logiciel.

Bases de données documentaires

PubMed

PubMed est une base de données, accessible librement, de littérature biomédicale publiée dans des revues avec relecture par les pairs (peer-review). Elle contient, en janvier 2026, plus de 39 millions d'entrées. Chaque entrée est une référence ainsi que l'abstract lorsqu'il existe.

Medline est la plus grande partie de PubMed et est constituée d'articles indexés à l'aide « de mots clés », les termes MeSH. Les articles qui ne sont pas (encore) indexés ne peuvent pas être trouvés seulement en utilisant les termes MeSH (dont l'usage est expliqué lors de la démo de PubMed), mais impose l'ajout de termes de recherche en langage naturel.
PubMed Central (PMC) est la partie de PubMed dont les full texts des articles sont librement accessibles.

Il existe une URL pour une version de PubMed avec un bouton de l'UNIGE (un resolver), qui permet de chercher une référence dans le catalogue de la bibliothèque. C'est utile lorsque vous ne parvenez pas à obtenir le full text de la référence. Le catalogue vous indique où vous pouvez l'obtenir si vous y avez droit, ou de le demander à la bibliothèque s'il ne fait pas partie de nos collections (Voir la commande d'article, service gratuit).

L'URL à utiliser est :

Résolver UNIGE dans PubMed

La création de compte donne la possibilité d'enregistrer ses recherches et de configurer des alertes. Les alertes sont très utiles pour être automatiquement averti-e des nouvelles publications correspondant à votre recherche, pour ne pas louper des articles importants, publiés après vos recherches de littérature, mais avant la finalisation de votre propre papier.

Des formations sont données par la bibliothèque sur PubMed :
https://www.unige.ch/biblio/fr/formation/rendez-vous-info-scientifique/pubmed/.

Embase

Embase (https://embase.com) est en partie équivalente à PubMed, mais est proposée par Elsevier sous licence. Vous y accédez soit en étant dans le réseau de l'UNIGE, soit au moyen d'OpenAthens.

Elle contient Medline, ainsi que plus de 3300 revues scientifiques exclusivement couvertes par Embase. Parmi celles-ci se trouve bon nombre des revues européennes, ce qui fait qu'Embase est meilleure pour rechercher des publications qui ne sont pas en anglais.

L'équivalent des termes MeSH dans Embase se nomme Emtree.

La création de compte donne la possibilité d'enregistrer ses recherches et de configurer des alertes.

Des formations sont données par la bibliothèque sur Embase :
https://www.unige.ch/biblio/index.php?cID=1572.

Google Scholar

Google Scholar (https://scholar.google.com) est un moteur de recherche utile pour trouver de la littérature scientifique. Il n'offre pas les mêmes fonctionnalités de recherche avancée que Pubmed ou Embase, mais il permet de trouver de la littérature grise, à savoir des rapports ou des bonnes pratiques publiées par des hôpitaux ou des organisations internationales.

C'est un outil multidisciplinaire, aussi il peut être nécessaire de préciser avec un concept supplémentaire que votre recherche concerne le domaine de la santé.

Google Scholar offre depuis 2025 une interface permettant l'interrogation en langage naturel : https://scholar.google.com/scholar_labs/. Il nécessite un compte Google.

Consensus

Consensus (https://consensus.app) est un outil de recherche basé sur « l'intelligence artificielle », ou plus précisément sur des modèles de langage. Comme le Google Scholar Labs, il permet des requêtes en langage naturel. Ses recherches se font sur un corpus de publications scientifiques (Semantic Scholar et des accords avec certains éditeurs).

En 2026, la Bibliothèque de l'UNIGE propose en test un accès à la version « pro » de Consensus. Pour cela, il suffit de s'identifier avec une adresse e-mail de l'UNIGE ou des HUG.

Ce genre d'outil est plus adapté à l'exploration d'un sujet qui n'est pas encore maîtrisé et ne remplace pas une méthode rigoureuse de recherche dans Pubmed, essentiellement pour deux raisons :

  1. Le processus de sélection n'est ni transparent, ni reproductible.
  2. La nature probabiliste du fonctionnement des modèles de langage ne permet pas d'exclure la génération de texte erroné.

Ces critiques sont valables, à des degrés divers, pour tous les outils utilisant des modèles de langage, y compris Google Scholar Labs.

  1. La version gratuite du compte Zotero met à disposition 300 Mo d'espace disque sur ses serveurs. Ce n'est une limite que si on associe systématiquement les full texts en PDF. De plus, pour augmenter l'espace disque à 2 Go (ce qui est très confortable), le coût annuel n'est que de 20 USD. L'organisme qui développe Zotero est à but non-lucratif. ↩︎