diff --git a/.gitignore b/.gitignore index fbbc9b9..1fa178d 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -1,3 +1,4 @@ -smpr-1er-partie.html *.pdf -document.html +*.html +!static/template.html +*.zip diff --git a/.gitmodules b/.gitmodules new file mode 100644 index 0000000..eb88b27 --- /dev/null +++ b/.gitmodules @@ -0,0 +1,4 @@ +[submodule "présentations"] + path = présentations + url = gitlab-unige:Igor.Milhit/revealjs-bunige.git + branch = bunige diff --git a/Makefile b/Makefile index 04188eb..372ce2d 100644 --- a/Makefile +++ b/Makefile @@ -1,16 +1,24 @@ SOURCE_FOLDER := sources +DOCUMENTS_FOLDER := $(SOURCE_FOLDER)/documents +SLIDES_FOLDER := $(SOURCE_FOLDER)/slides OUTPUT_FILENAME := document +SLIDES_OUTPUT_FOLDER := présentations TEMPLATE_REPOSITORY := https://git.milhit.ch/igor/bunige-pagedjs-template/releases/download # Liste les fichiers sources. -MD_UNSORTED := $(wildcard $(SOURCE_FOLDER)/*.md) +MD_UNSORTED := $(wildcard $(DOCUMENTS_FOLDER)/*.md) # Ordonne les fichiers sources sur la base du début numérique du nom des # fichiers. MD_SORTED := $(shell printf '%s\n' $(MD_UNSORTED) | sort -t- -k1,1n) +# Sources pour les slides +SLIDES_SOURCES := $(wildcard $(SLIDES_FOLDER)/*.md) +SLIDES_TARGETS := $(patsubst $(SLIDES_FOLDER)/%.md,$(SLIDES_OUTPUT_FOLDER)/%.html,$(SLIDES_SOURCES)) +SLIDES_BASENAMES := $(basename $(notdir $(SLIDES_SOURCES))) + .PHONY: all -all: pdf +all: pdf slides # Construit le fichier HTML. .PHONY: html @@ -32,6 +40,43 @@ pdf: $(MD_SORTED) --toc --toc-depth=2 \ --out=$(OUTPUT_FILENAME).pdf $(MD_SORTED) +# Construit les slides +$(SLIDES_OUTPUT_FOLDER)/%.html: $(SLIDES_FOLDER)/%.md + @mkdir -p $(SLIDES_OUTPUT_FOLDER) + pandoc --to=revealjs --standalone --embed-resources \ + --template=présentations/revealjs-template.html \ + --css=dist/theme/bunige.css \ + --slide-level=2 \ + --output=$@ $< + +.PHONY: slides +slides: $(SLIDES_TARGETS) + +# Génération d'une présentation spécifique +.PHONY: slide-% +slide-%: $(SLIDES_OUTPUT_FOLDER)/%.html + @echo "Présentation $* générée dans $(SLIDES_OUTPUT_FOLDER)/" + +# Watch amélioré pour les slides +.PHONY: watch_slides +watch_slides: + watchexec -r -w $(SLIDES_FOLDER) -f "*.md" \ + -i "$(SLIDES_OUTPUT_FOLDER)/*.html" \ + -- make slides + +# Template pour générer les cibles de watch spécifiques +define WATCH_SLIDE_TEMPLATE +.PHONY: watch-slide-$(1) +watch-slide-$(1): + @echo "Surveillance de $(1).md..." + watchexec -r -w $(SLIDES_FOLDER)/$(1).md \ + -i "$(SLIDES_OUTPUT_FOLDER)/$(1).html" \ + -- make slide-$(1) +endef + +# Génération automatique des cibles de watch +$(foreach slide,$(SLIDES_BASENAMES),$(eval $(call WATCH_SLIDE_TEMPLATE,$(slide)))) + # Reconstruit le fichier HTML à la modification des autres fichiers. .PHONY: watch watch: @@ -55,3 +100,29 @@ update: curl -o modèle.zip $(TEMPLATE_REPOSITORY)/$(VERSION)/$(VERSION).zip unzip -f -o modèle.zip rm modèle.zip + +# Aide +.PHONY: help +help: + @echo "Cibles disponibles :" + @echo " all - Génère le PDF et toutes les présentations." + @echo " pdf - Génère le document PDF." + @echo " html - Génère le document HTML." + @echo " slides - Génère toutes les présentations." + @echo " slide- - Génère une présentation spécifique." + @echo " watch - Surveille les changements du document." + @echo " watch-slides - Surveille tous les fichiers slides." + @echo " watch-slide- - Surveille une présentation spécifique." + @echo " debug - Vérifie la contenu de certaines variables." + @echo " clean - Supprime les fichiers générés." + @echo "" + @echo "Documents détectés : $(notdir $(MD_SORTED))" + @echo "Présentations détectées : $(SLIDES_BASENAMES)" + +.PHONY: debug +debug: + @echo "MD_UNSORTED: $(MD_UNSORTED)" + @echo "MD_SORTED: $(MD_SORTED)" + @echo "SLIDES_SOURCES: $(SLIDES_SOURCES)" + @echo "SLIDES_BASENAMES: $(SLIDES_BASENAMES)" + diff --git a/README.md b/README.md index 3364280..5c0dfd9 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,18 +1,21 @@ # [strats-smpr][1] -Support pour un cours donné aux internes du SMPR, en vue de la mise à jour de +Supports pour un cours donné aux internes du SMPR, en vue de la mise à jour de stratégies et d'articles scientifiques, sur la méthodologie de la recherche de littérature et l'utilisation de Zotero. -Il s'agit ici d'une introduction rapide. +Il s'agit : + +- Un document pour une introduction rapide (quickstart). +- Des slides pour la présentation elle-même. ## Édition -Pour éditer le document, il faut modifier le fichier [smpr-1re-partie.md][2]. -Il est au format Markdown et utilise les possibilités de pandoc-markdown, comme -expliqué dans la documentation du modèle. +Pour éditer les sources, il faut modifier les fichiers Markdown du [dossier +`sources/`][2]. L'un correspond au document d'introduction, l'autre à la +présentation. -## Génération du PDF +## Génération ### Requis @@ -20,12 +23,20 @@ expliqué dans la documentation du modèle. - `pagedjs-cli` ([installation][4]). - GNU make. -### Commande +### Commandes + +Pour générer la version PDF du document : ``` make pdf ``` +Pour générer les slides au format HTML : + +```bash +make slides +``` + ## Développement Une fois les requis de la génération de PDF installés, les commandes suivantes @@ -41,6 +52,6 @@ facilitent le développement : [1]: / -[2]: ./sources/smpr-1re-partie.md +[2]: ./sources/ [3]: https://pandoc.org/installing.html [4]: https://gitlab.coko.foundation/pagedjs/pagedjs-cli#installation diff --git a/modèle.zip b/modèle.zip deleted file mode 100644 index 6947783..0000000 Binary files a/modèle.zip and /dev/null differ diff --git a/présentations b/présentations new file mode 160000 index 0000000..34d5924 --- /dev/null +++ b/présentations @@ -0,0 +1 @@ +Subproject commit 34d59246b2d14b101ac4f787e21e13a42f994723 diff --git a/sources/smpr-1re-partie.md b/sources/documents/smpr-1re-partie.md similarity index 100% rename from sources/smpr-1re-partie.md rename to sources/documents/smpr-1re-partie.md diff --git a/sources/slides/méthodo-zotero-slides.md b/sources/slides/méthodo-zotero-slides.md new file mode 100644 index 0000000..0ef9bbe --- /dev/null +++ b/sources/slides/méthodo-zotero-slides.md @@ -0,0 +1,331 @@ +--- +title: Recherche et bibliographie +subtitle: Pubmed et Zotero +date: 4 février 2026 +place: SMPR-RMS +id: 20260128155952 +creation_date: 2026-01-28T16:00:10+0100 +author: +- name: Igor Milhit + email: Igor.Milhit@unige.ch +licence: +- type: CC-BY-SA 4.0 + url: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ +source: https://git.milhit.ch/igor/strat-smpr.git +bibliography: references.json +link-citations: true +--- + +## Plan + +1. Recherche de littérature : \ + méthodologie [#](#methodo). +1. Références et bibliographie : \ + Vancouver et Zotero [#](#biblio). + +# Recherche de littérature : méthodologie {#methodo} + +--- + +## Étapes + +1. Rédiger la [question]{.bunige-color} de recherche. +1. Identifier les [concepts]{.bunige-color}. +1. Décliner en [termes alternatifs]{.bunige-color} et + [synonymes]{.bunige-color}. +1. Combiner avec des [opérateurs booléens]{.bunige-color}. +1. Adapter la syntaxe aux bases de données. +1. Améliorer l'équation. + +--- + +## Question de recherche + +- Point **essentiel !**. +- Modèles (PICO, etc.). +- Contexte des stratégies ? + +--- + +## Identifier les concepts + +Est-ce que des exercices réduisent les troubles moteurs des personnes atteintes +par la maladie de Parkinson ? + +::: {.fragment} + +- `P :` Maladie de Parkinson. +- `I :` Exercices. +- `C :` ~~Pas d'exercice~~. +- `O :` Réduire les troubles moteurs. + +::: + +--- + +## Termes alternatifs et synonymes + +- Recherches préliminaires, lectures d'*abstracts*. +- Site HETOP (+ aide à la traduction) : \ + . + +::: {.fragment} + +| Concept 1 | Concept 2 | Concept 3 | +| ----------------- | ----------------- | -------------- | +| Parkinson | Exercise | Motor disorder | +| Parkinsonism | Exercise therapy | Gait apraxia | +| Parkinson disease | Physical exercice | Gait disorder | + +::: + +--- + +## Langage naturel, vocabulaire contrôlé + +🎯 **« Cancer »** + +::: {.bunige-columns} + +::: {.bunige-column .fragment} + +**Langage naturel :** + +- `tumor(s)`. +- `neoplasm(s)`. +- `neoplasia(s)`. + +::: + +::: {.bunige-column .fragment} + +**Vocabulaire contrôlé (MeSH) :** + +- [`Neoplasm[Mesh]`]{.bunige-code-inline}. + +::: + +::: + +--- + +## MeSH + +- Vocabulaire contrôlé de Medline (Pubmed). +- 16 catégories (arborescences). +- Hiérarchisé, du plus général au plus particulier. +- Supprime les ambiguïtés (python). +- Regroupe les synonymes (tumor, neoplasm, etc.). +- Indexation sujet des articles. + +--- + +## Termes alternatifs et MeSH + +| Concept 1 | Concept 2 | Concept 3 | +| --------------------------- | -------------------------- | ------------------------- | +| Parkinson | Exercise | Motor disorder | +| Parkinsonism | Exercise therapy | Gait apraxia | +| Parkinson disease | Physical exercice | Gait disorder | +| "Parkinson disease"\[Mesh\] | "Exercise therapy\[Mesh\]" | "Motor Disorders"\[Mesh\] | + +--- + +## Combiner synonymes et concepts + +::: {.bunige-columns} + +::: {.bunige-column .bunige-no-border .fragment data-fragment-index="1"} + +![Synonymes du même concept](./static/images/boolean-or.svg) + +::: + +::: {.bunige-column .bunige-no-border .fragment data-fragment-index="2"} + +![Combiner des concepts](./static/images/boolean-and.svg) + +::: + +::: {.bunige-column .bunige-no-border .fragment data-fragment-index="3"} + +![Exclure un terme](./static/images/boolean-and.svg) + +::: + +::: + + +Adapté de Jankiewicz JT. Diagram of three Boolean logic operators. +"and", "or" and "not". 2022. + + + +--- + +## Syntaxe + +- `"Expression exacte"`. +- Troncature (`*`) : [`analy*`]{.bunige-code-inline} pour analytique, + analyse, analytic, etc. +- Filtres de l'interface. + +--- + +## Équation finale + +::: {.bunige-text-left-aligned} + +`(Parkinson OR Parkinsonism OR "Parkinson Disease" OR "Parkinson +Disease"[Mesh]) AND (Exercise OR "Exercise therap*" OR "Physical exercise*" OR +"Exercise Therapy"[Mesh]) AND ("Motor disorder*" OR "Gait apraxia" OR Gait +disorder*" OR "Motor Disorders"[Mesh])` + +::: + +--- + +## Pistes pour vos stratégies + +- Identifier le ou les MeSH / Emtree du sujet principal. +- S'en inspirer pour trouver des synonymes. +- Identifier des « angles » pertinents. +- Filtre par date de publication ! + +--- + +## Démo Pubmed + +![](./static/images/pubmed-logo.svg) + +[unige.ch/biblio/pubmed](https://unige.ch/biblio/pubmed) + +# Références et bibliographie : Vancouver et Zotero {#biblio} + +--- + +## Rev Med Suisse + +- Style [numérique]{.bunige-color}. Chiffre arabe en exposant. +- Style [NLM/Vancouver]{.bunige-color}. +- Max 3 auteurs + et al. +- Max 15 références, sauf si revue de littérature. +- Si possible, 1 ou 2 références en français. + + +Guide Vancouver (2023) \ + + + +--- + +## Rédaction d'une référence + +1. Identifier le type du document. +1. Trouver les informations minimales : + - Titre de l'article. + - Auteur(s) et autrice(s). + - Nom de la publication (titre de la revue). + - Volume ; numéro ; date de publication ; pagination. +1. Mettre en forme (syntaxe) selon le style de citation. + +--- + +## Article scientifique + +::: {.bunige-text-left-aligned} + +Auteur-trice, Auteur-trice, Auteur-trice, et al. Titre de l’article. Titre +abrégé de la revue. Année de publication;Volume(n°):pages. + +::: + +::: {.bunige-text-left-aligned} + +Widmer D, Jotterand S, Ninane F, et al. Multimorbidité et interprofessionnalité +en médecine de famille. Rev Med Suisse. 2016;12(518):937‑8. + +::: + +::: {.bunige-text-left-aligned} + +Titre abrégé : + +- Catalogue NLM : . +- ISSN Portal : + +::: + +--- + +## Livre + +::: {.bunige-text-left-aligned} + +Auteur-trice. Titre de l’ouvrage : sous-titre. Numéro de l'édition. Ville : +Éditeur ; année. + +::: + +::: {.bunige-text-left-aligned} + +Rouessac F. Analyse chimique : méthodes et techniques instrumentales. +9e éd. Malakoff : Dunod ; 2019. + +::: + +--- + +## Chapitre de livre + +::: {.bunige-text-left-aligned} + +Auteur-trice. Titre du chapitre. In : Auteur-trices. Titre du livre. Numéro de +l'édition. Ville : Éditeur ; année. p. 1re page du chapitre-dernière +page du chapitre. + +::: + +::: {.bunige-text-left-aligned} + +Patrick GL. Antiviral agents. In : An introduction to medical chemistry. +6e éd. Oxford : Oxford University Press ; 2017. p. 490-542. + +::: + +--- + +## Démo Zotero + +::: {.bunige-columns .bunige-columns-center} + +::: {.bunige-column} + +![](./static/images/zotero.png) + +::: + +::: {.bunige-column} + +![](./static/images/zotero-machine.png) + +::: + +::: + +--- + +## Conseils pour la collaboration + +- Bibliothèque de groupe. +- Bibliothèque de groupe ≠ votre bibliothèque. +- Héritage d'un fichier. +- Word, Windows, Mac. +- LibreOffice ? Google Docs ? Word 365 en ligne ? + +--- + +::: {.r-fit-text .bunige-color} +Merci ! +::: + diff --git a/static/images/boolean-and.svg b/static/images/boolean-and.svg new file mode 100644 index 0000000..e8b1dc0 --- /dev/null +++ b/static/images/boolean-and.svg @@ -0,0 +1,81 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + +