projet: améliore la structure et le contenu

- Structure le projet de manière plus claire.
- Mets à jour le modèle, notamment le Makefile.
- Améliore la documentation.
- Mets à jour le document et le complète.

Co-Authored-by: iGor milhit <igor@milhit.ch>

.gitignore

@@ -1,2 +1,3 @@
 smpr-1er-partie.html
 *.pdf
+document.html

Makefile

@@ -0,0 +1,57 @@
+SOURCE_FOLDER := sources
+OUTPUT_FILENAME := document
+
+TEMPLATE_REPOSITORY := https://git.milhit.ch/igor/bunige-pagedjs-template/releases/download
+
+# Liste les fichiers sources.
+MD_UNSORTED := $(wildcard $(SOURCE_FOLDER)/*.md)
+# Ordonne les fichiers sources sur la base du début numérique du nom des
+# fichiers.
+MD_SORTED := $(shell printf '%s\n' $(MD_UNSORTED) | sort -t- -k1,1n)
+
+.PHONY: all
+all: pdf
+
+# Construit le fichier HTML.
+.PHONY: html 
+html: $(MD_SORTED)
+	pandoc \
+	--to=html --standalone \
+	--template=static/template.html --css=static/style.css \
+	-V static='./static' \
+	--toc --toc-depth=2 \
+	--out=$(OUTPUT_FILENAME).html $(MD_SORTED)
+
+# Construit le fichier PDF.
+.PHONY: pdf 
+pdf: $(MD_SORTED)
+	pandoc \
+	--to=pdf --pdf-engine=pagedjs-cli --embed-resources=true \
+	--template=static/template.html --css=static/style.css \
+	-V noscript=true -V static='./static' \
+	--toc --toc-depth=2 \
+	--out=$(OUTPUT_FILENAME).pdf $(MD_SORTED)
+
+# Reconstruit le fichier HTML à la modification des autres fichiers.
+.PHONY: watch
+watch:
+	watchexec -r -w . -i document.html \
+	-- make html
+
+# Supprime les fichiers construits lorsqu'ils ne sont plus nécessaire.
+.PHONY: clean
+clean:
+	rm -f *.html *.pdf
+
+# Lance un serveur web pour servir le HTML.
+.PHONY: serve
+serve:
+	watchexec -r -w . "python -m http.server"
+
+# Mets à jour le modèle de document
+# Usage : make update VERSION=v1.0.0
+.PHONY: update
+update:
+	curl -o modèle.zip $(TEMPLATE_REPOSITORY)/$(VERSION)/$(VERSION).zip
+	unzip -f -o modèle.zip
+	rm modèle.zip

README.md

@@ -1,5 +1,46 @@
-# strats-smpr
+# [strats-smpr][1]
 
-Support pour un cours donné aux internes du SMPR, en vue de la mise à jour de stratégies et d'articles scientifiques, sur la méthodologie de la recherche de littérature et l'utilisation de Zotero.
-
-Il s'agit ici d'une introduction rapide.
+Support pour un cours donné aux internes du SMPR, en vue de la mise à jour de
+stratégies et d'articles scientifiques, sur la méthodologie de la recherche de
+littérature et l'utilisation de Zotero.
+
+Il s'agit ici d'une introduction rapide.
+
+## Édition
+
+Pour éditer le document, il faut modifier le fichier [smpr-1re-partie.md][2].
+Il est au format Markdown et utilise les possibilités de pandoc-markdown, comme
+expliqué dans la documentation du modèle.
+
+## Génération du PDF
+
+### Requis
+
+- `pandoc` ([installation][3]).
+- `pagedjs-cli` ([installation][4]).
+- GNU make.
+
+### Commande
+
+```
+make pdf
+```
+
+## Développement
+
+Une fois les requis de la génération de PDF installés, les commandes suivantes
+facilitent le développement :
+
+- `make html` génère un fichier HTML. Une fois servi par un serveur web, il
+  permet de se rendre compte du résultat final et d'adapter les règles de
+  style.
+- `make serve` lance un serveur à l'aide de python (qui doit être disponible).
+- `make watch <filename>` génère la version HTML du fichier, et relance la
+  génération à chaque changement des fichiers utiles.
+
+<!-- références -->
+
+[1]: /
+[2]: ./sources/smpr-1re-partie.md
+[3]: https://pandoc.org/installing.html
+[4]: https://gitlab.coko.foundation/pagedjs/pagedjs-cli#installation

sources/smpr-1re-partie.md

@@ -3,7 +3,7 @@ title: Revue de littérature et référencement
 subtitle: Démarrage rapide
 creation_date: 2025-01-16T10:03:12+0100
 id: 20250116100312
-date: printemps 2025
+date: Printemps 2026
 author:
 - Igor Milhit
 lang: fr
@@ -11,7 +11,24 @@ toc-title: Table des matières
 tags: [tags]
 ---
 
- 
+## Objectifs du document
+
+Ce document a pour objectif de **préparer la session prochaine**, en :
+
+- Rappelant les bases de :
+  - La revue de littérature.
+  - La citation et de la bibliographie.
+- Listant les recommandations de la *Revue médicale suisse* pour les auteurs et
+  autrices.
+- Expliquant l'intérêt de Zotero.
+- Rappelant les principales bases de données pour la recherche de littérature.
+- Listant les liens utiles.
+- Indiquant comment accéder aux services de la bibliothèque.
+
+Il n'est pas long à parcourir et sert de référence.
+
+Le cours en présentiel portera sur la méthodologie de recherche, avec une démo
+Pubmed et une brève démo de Zotero.
 
 :::{#licence}
 ![Logo de la licence CC BY-SA 4.0][1] \
@@ -20,8 +37,8 @@ tags: [tags]
 
 ## Liens utiles {#first-section}
 
-- PubMed avec le *resolver* de l'UNIGE : [unige.ch/biblio/pubmed][5].
-- Explication d'**OpenAthens** pour accéder aux articles depuis les HUG ou
+- **PubMed** avec le *resolver* de l'UNIGE : [unige.ch/biblio/pubmed][5].
+- **OpenAthens** pour accéder aux articles depuis les HUG ou
   depuis chez vous : \
   <https://www.unige.ch/biblio/fr/infos/sites/cmu/information-membres-hug/acces>.
 - **Commande d'article** qui ne font pas partie de nos collections (gratuit) :
@@ -35,6 +52,10 @@ tags: [tags]
   d'article : <https://registration.slsp.ch/?iz=unige>.
 - **Création du compte Switch edu-ID**. Gratuit et nécessaire pour
   l'inscription à la bibliothèque : <https://eduid.ch/web/registration/1/>.
+- **Guide Vancouver** de la bibliothèque :
+  <https://www.unige.ch/biblio/index.php/download_file/22303/>.
+- **Guide pour référencer l'usage « d'IA »** :
+  <https://unige.ch/-/biblio/referencer-iag>.
 
 ## Services de la bibliothèque
 
@@ -50,19 +71,19 @@ Pour y accéder, le chemin depuis la page d'accueil de l'UNIGE est :
 unige.ch / services / bibliothèque / site UNI CMU
 ```
 
-Puis, scroller jusqu'à trouver les deux blocs de la capture ci-dessous.
+Puis, *scroller* jusqu'à trouver les deux blocs de la capture ci-dessous.
 
-L'autre solution est de chercher sur un moteur de recherche
-`unige bibliothèque cmu`.
+L'autre solution est de chercher *via* un moteur de recherche `unige
+bibliothèque cmu`.
 
 ![Ressources et services de la bibliothèque][4]
 
-1. Lien vers PubMed, mais qui offre sur la page des articles un bouton qui
+1. Lien vers PubMed un bouton qui
    permet de rebondir sur le catalogue de la bibliothèque lorsque l'accès au
    *full text* n'est pas possible. (Voir la section [PubMed][12]) \
    Le lien suivant fonctionne aussi : [unige.ch/biblio/pubmed][5].
-1. Lien vers Embase. Sur abonnement, nécessite soit Open Athens, soit d'être
-   sur le réseau de l'UNIGE.
+1. Lien vers Embase. Sur abonnement, nécessite soit OpenAthens, soit d'être
+   sur le réseau de l'UNIGE (ou encore d'utiliser un compte Elsevier).
 1. Informations utiles pour accéder aux ressources de la bibliothèque depuis
    les HUG.
 1. Service d'aide à la recherche. Page proposant beaucoup de documentation,
@@ -80,6 +101,9 @@ précédentes. Enfin, dans votre contexte, elle constitue le matériel pour la
 mise à jour d'une stratégie, et pour la rédaction de l'article qui
 l'accompagne.
 
+Dans le contexte des *stratégies de médecine de premier recours*, la revue de
+littérature est la base sur laquelle s'appuient leurs mises à jour.
+
 ## Citation et bibliographie
 
 La bibliographie de vos publications indique à la fois *l'étendue de vos
@@ -96,11 +120,12 @@ La façon dont vous insérez des citations, avec leur « appel à citation
 dont vous rédigez les références dans la bibliographie, dépend du *style de
 citation*. Il est en général imposé par les éditeurs.
 
-### Recommandations de la Rev Med Suisse
+## Recommandations de la Rev Med Suisse
 
 La *Revue médicale suisse* regroupe des recommandations aux auteurs et autrices
-sur la page [« Publier dans la revue »][6]. Les points 17 et 18 concernent les
-citations et la bibliographie :
+sur la page [« Publier dans la revue »][6] (dans l'entrée de menu « Revue
+médicale suisse »). Les points 17 et 18 concernent les citations et la
+bibliographie :
 
 - Les appels à citation se font selon un style *numérique*, à l'aide d'un
   chiffre arabe en exposant, par ordre d'apparition.
@@ -113,12 +138,22 @@ citations et la bibliographie :
 
 Pour le style Vancouver, vous pouvez consulter :
 
-- La [norme complète][7] en anglais, sur le site de la NLM.
 - Le [guide de la bibliothèque][8], en français, au format PDF.
+- La [norme complète][7] en anglais, sur le site de la NLM (si vous êtes
+  curieux/se).
 
 Mais le mieux est d'utiliser le gestionnaire de références bibliographiques
 Zotero.
 
+::: {.warning}
+
+La *Revue médicale suisse* a une [charte][15] concernant « l'IA » qui précise
+les usages admis. La transparence quant à l'utilisation de ces outils est
+exigée. \
+La bibliothèque de l'UNIGE met à disposition un [guide][16] pour vous aider.
+
+:::
+
 ## Gestionnaires de références bibliographiques
 
 Un *gestionnaire de références bibliographiques* est un logiciel qui facilite
@@ -148,20 +183,24 @@ Le principe est le suivant :
 Sur le court terme, Zotero facilite la rédaction d'un travail. Sur le long
 terme, il peut devenir une partie de votre mémoire documentaire.
 
+::: {.warning}
+
 Zotero apporte des gains de temps substantiels, **à la condition** de le prendre
 en main **dès maintenant**. Des formations sont proposées par la
 bibliothèque : \
 <https://www.unige.ch/biblio/fr/formation/rendez-vous-info-scientifique/zotero>.
 
+:::
+
 Pour démarrer, vous avez besoin :
 
 1. D'installer, depuis la page [zotero.org/download][9] :
-  1. Le logiciel Zotero.
-  1. Un connecteur pour votre navigateur web (Firefox, Safari, etc.).
+    1. Le logiciel Zotero.
+    1. Un connecteur pour votre navigateur web (Firefox, Safari, etc.).
 1. De vous créer un compte sur [zotero.org][10], pour :
-  1. Synchroniser votre bibliothèque de références avec le serveur de Zotero et
-     vos autres appareils.
-  1. Travailler à plusieurs sur une bibliothèque de groupe.
+    1. Synchroniser votre bibliothèque de références avec le serveur de Zotero
+       et vos autres appareils.
+    1. Travailler à plusieurs sur une bibliothèque de groupe.
 
 Un [guide rapide][11] existe sur le site de la documentation en français du
 logiciel.
@@ -172,23 +211,23 @@ logiciel.
 
 PubMed est une base de données, accessible librement, de littérature
 biomédicale publiée dans des revues avec relecture par les pairs
-(*peer-review*). Elle contient, en janvier 2025, plus de 37 millions d'entrée,
-chaque entrée était une référence ainsi que l'*abstract* lorsqu'il existe.
+(*peer-review*). Elle contient, en janvier 2026, plus de 39 millions d'entrées.
+Chaque entrée est une référence ainsi que l'*abstract* lorsqu'il existe.
 
 *Medline* est la plus grande partie de PubMed et est constituée d'articles
-*indexés* à l'aide « de mots clés », les termes MeSH. Ce qui a pour conséquence
-que les articles qui ne sont pas indexés ne peuvent pas être trouvés seulement
-en utilisant les termes MeSH (dont l'usage est expliqué lors de la démo de
-PubMed). \
+*indexés* à l'aide « de mots clés », les termes MeSH. Les articles qui ne sont
+pas (encore) indexés ne peuvent pas être trouvés seulement en utilisant les
+termes MeSH (dont l'usage est expliqué lors de la démo de PubMed), mais impose
+l'ajout de termes de recherche en langage naturel. \
 *PubMed Central* (PMC) est la partie de PubMed dont les *full texts* des
 articles sont librement accessibles.
 
-Il existe une URL pour utiliser une version de PubMed enrichie d'un bouton de
-l'UNIGE (un *resolver*), qui permet de cherche une référence dans le catalogue
+Il existe une URL pour une version de PubMed avec un bouton de
+l'UNIGE (un *resolver*), qui permet de chercher une référence dans le catalogue
 de la bibliothèque. C'est utile lorsque vous ne parvenez pas à obtenir le *full
 text* de la référence. Le catalogue vous indique où vous pouvez l'obtenir si
 vous y avez droit, ou de le demander à la bibliothèque s'il ne fait pas partie
-de nos collection (Voir la [commande d'article][13], service gratuit).
+de nos collections (Voir la [commande d'article][13], service gratuit).
 
 L'URL à utiliser est :
 
@@ -209,9 +248,9 @@ Des formations sont données par la bibliothèque sur PubMed : \
 
 ### Embase
 
-Embase est en partie équivalente à PubMed, mais est proposée par Elsevier sous
-licence. Vous y accéder soit en étant dans le réseau de l'UNIGE, soit au moyen
-d'OpenAthens.
+Embase (<https://embase.com>) est en partie équivalente à PubMed, mais est
+proposée par Elsevier sous licence. Vous y accédez soit en étant dans le réseau
+de l'UNIGE, soit au moyen d'OpenAthens.
 
 Elle contient Medline, ainsi que plus de 3300 revues scientifiques
 exclusivement couvertes par Embase. Parmi celles-ci se trouve bon nombre des
@@ -226,6 +265,45 @@ configurer des alertes.
 Des formations sont données par la bibliothèque sur Embase : \
 <https://www.unige.ch/biblio/index.php?cID=1572>.
 
+### Google Scholar
+
+Google Scholar (<https://scholar.google.com>) est un moteur de recherche utile
+pour trouver de la littérature scientifique. Il n'offre pas les mêmes
+fonctionnalités de recherche avancée que Pubmed ou Embase, mais il permet
+de trouver de la *littérature grise*, à savoir des rapports ou des bonnes
+pratiques publiées par des hôpitaux ou des organisations internationales.
+
+C'est un outil multidisciplinaire, aussi il peut être nécessaire de préciser
+avec un concept supplémentaire que votre recherche concerne le domaine de la
+santé.
+
+Google Scholar offre depuis 2025 une interface permettant l'interrogation en
+langage naturel : <https://scholar.google.com/scholar_labs/>. Il nécessite un
+compte Google.
+
+### Consensus
+
+Consensus (<https://consensus.app>) est un outil de recherche basé sur
+« l'intelligence artificielle », ou plus précisément sur des *modèles de
+langage*. Comme le Google Scholar Labs, il permet des requêtes en langage
+naturel. Ses recherches se font sur un corpus de publications scientifiques
+(Semantic Scholar et des accords avec certains éditeurs).
+
+En 2026, la Bibliothèque de l'UNIGE propose en test un accès à la version
+« pro » de Consensus. Pour cela, il suffit de s'identifier avec une adresse
+e-mail de l'UNIGE ou des HUG.
+
+Ce genre d'outil est plus adapté à l'exploration d'un sujet qui n'est pas
+encore maîtrisé et ne remplace pas une méthode rigoureuse de recherche dans
+Pubmed, essentiellement pour deux raisons :
+
+1. Le processus de sélection n'est ni transparent, ni reproductible.
+1. La nature probabiliste du fonctionnement des modèles de langage ne permet
+   pas d'exclure la génération de texte erroné.
+
+Ces critiques sont valables, à des degrés divers, pour tous les outils
+utilisant des modèles de langage, y compris Google Scholar Labs.
+
 <!-- références -->
 
 [^1]: La version gratuite du compte Zotero met à disposition 300 Mo d'espace
@@ -234,10 +312,10 @@ les *full texts* en PDF. De plus, pour augmenter l'espace disque à 2 Go (ce qui
 est très confortable), le coût annuel n'est que de 20 USD. L'organisme qui
 développe Zotero est à but non-lucratif.
 
-[1]: ./static/by-sa.svg
+[1]: ./static/images/by-sa.svg
 [2]: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/deed.fr "Texte de la licence en français"
 [3]: https://git.milhit.ch/igor/strats-smpr
-[4]: ./static/services-en-1-clic.png
+[4]: ./static/images/services-en-1-clic.png
 [5]: https://unige.ch/biblio/pubmed
 [6]: https://www.revmed.ch/publier-dans-la-revue
 [7]: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7256/
@@ -247,4 +325,6 @@ développe Zotero est à but non-lucratif.
 [11]: https://docs.zotero-fr.org/quick_start_guide/
 [12]: #pubmed
 [13]: https://www.unige.ch/biblio/fr/infos/sites/cmu/information-membres-hug/commande-article
-[14]: ./static/resolver.png
+[14]: ./static/images/resolver-context.png
+[15]: https://www.unige.ch/biblio/index.php/download_file/22303/
+[16]: https://unige.ch/-/biblio/referencer-iag

static/style.css

@@ -28,7 +28,7 @@
          * bibliothèque de l'UNIGE. */
         @top-right {
                 content: "";
-                background-image: url("static/bibliotheque-logo.svg");
+                background-image: url("images/bibliotheque-logo.svg");
                 background-position: right;
                 background-repeat: no-repeat;
                 background-size: 25%;
@@ -85,7 +85,7 @@
         margin: 2em auto 1em auto;
     }
     .logo img {
-        max-width: 50%;
+        max-width: 25%;
         padding: .5em;
     }
 
@@ -95,12 +95,6 @@
         margin: 4em 0;
     }
 
-    .subtitle {
-      /* Remove H2 rules */
-      color: unset; 
-      text-decoration: none;
-    }
-
     .authors {
         display: flex;
         justify-content: center;
@@ -202,6 +196,7 @@
     figure img {
         max-width: 85%;
         margin: 0 auto;
+        max-height: 35vh;
     }
     figcaption {
         text-align: center;
@@ -213,13 +208,28 @@
         content: "Figure " counter(figureNumber) " : ";
     }
 
-    .exercise {
+    .exercise,
+    .warning {
         background-color: #f2f1f1;
         width: 90%;
         margin: 0 auto;
         border: 2px solid #d80669;
         border-radius: .5em;
-        padding: 0 .5em;
+        padding: .5em;
+        display: flex;
+        align-items: center;
+    }
+
+    .exercice > p,
+    .warning > p {
+        margin: 0;
+        padding-left: .5em;
+    }
+
+    .exercice::before,
+    .warning::before {
+        content: "⚠️";
+        font-size: larger;
     }
 
     blockquote {

static/template.html

@@ -31,9 +31,9 @@ $endfor$
      when they are unnecessary. -->
 $if(noscript)$
 $else$
-  <link href="/interface.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
-  <script src="/paged.polyfill.js"></script>
-  <script src="/reload-in-place.js"></script>
+  <link href="$static$/interface.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
+  <script src="$static$/paged.polyfill.js"></script>
+  <script src="$static$/reload-in-place.js"></script>
 $endif$
 $for(header-includes)$
   $header-includes$
@@ -50,7 +50,7 @@ $if(title)$
 <header id="title-block-header">
 <h1 class="title">$title$</h1>
 $if(subtitle)$
-<h2 class="subtitle">$subtitle$</h2>
+<p class="subtitle">$subtitle$</p>
 $endif$
 $if(author)$
 <div class="authors">