diff --git a/README.md b/README.md index 1d067da..45f1388 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -13,6 +13,33 @@ l'Université de Genève : - [L'introduction à la prise de notes][intro] +## Pré-requis + +- `pandoc`. +- `pagedjc-cli` (`npm install -g puppeteer pagedjs pagedjs-cli`). + +## Génération du PDF + +Lancer les commandes depuis le répertoire `./intro`. + +Pour générer le fichier HTML a visualiser dans le navigateur : + +```bash +pandoc --standalone --pdf-engine=pagedjs-cli \ + --template=../template.html --css=../style.css \ + --toc --toc-depth=2 --citeproc \ + --to=html --output=intro.html intro.md +``` + +Pour générer directement le PDF : + +```bash +pandoc --standalone --citeproc \ + --to=pdf --pdf-engine=pagedjs-cli \ + --css=../style.css --toc --toc-depth=2 \ + --output=intro.pdf intro.md +``` + [projet]: ./ [rdv]: https://www.unige.ch/biblio/index.php?cID=4127 "Présentation des 2 rendez-vous sur le site de la bibliothèque de l'Université de Genève" [intro]: ./intro.md diff --git a/intro/intro-déroulé.md b/intro/intro-déroulé.md new file mode 100644 index 0000000..67df165 --- /dev/null +++ b/intro/intro-déroulé.md @@ -0,0 +1,64 @@ +--- +title: Déroulé de l'introduction à markdown +date: 2023-04-26T09:01:56+02:00 +id: 20230426090205 +tags: [rdv-info, déroulé, markdown] +--- + +## Présentation (2 min.) + +- Présentation. +- Partage du PDF. +- Mention des questions à la fin. + +## Objectifs (1 min.) + +- Avantages des fichiers au format texte et de markdown pour la prise de notes. +- Syntaxe de base. +- Présentation d'éditeurs. +- Aperçu des possibilités avancées. + +## Présentation + +- Ouvrir HackMD. +- Montrer que ce n'est que du texte = format texte. +- Montrer le rendu et la structure. +- Avantages du format texte : + - Fichiers simples et légers. + - Ne dépendant ni d'un logiciel particulier. + - Pérennité. + - Portabilité. + - Sauvegarde, synchronisation, partage. + - Recherche textuelle facilitée. + - Favorise un riche écosystème pour utiliser ou manipuler les fichiers. +- Conclusion : + - Rapidité et légèreté adaptée à la prise de note. + - Notes structurées, recherche textuelle efficace. + - Adapté pour documents simples (notes) ET pour documents complexes (thèse). + - Constitution d'une base de connaissance. +- Détail de la syntaxe depuis HackMD. + - Importance d'apprendre et d'utiliser régulièrement. + - Titres. + - Paragraphes. + - Italiques et gras. + - Liens. Sans et avec référence. + - Image. +- Éditeurs : + - Dédiés (typora, abricotine). + - Bases de connaissance (obsidian). + - Académique (Zettlr), intégration facilitée de Zotero. + - Généralistes (visual studio code). Si vous en utiliser déjà un. Si vous + avez un usage avancé. +- Fonctionnalités nécessaires : + - Prévisualisation. + - Autocomplétion de la syntaxe. + - Navigateur de fichiers. +- Un plus : + - Correcteur orthographique. + - Formatage automatique des tableaux. + - Suivi des liens internes, entre fichiers. +- Usages avancés : + - Démo avec Visual Code. + - Ouvrir README, suivre le lien. + - Chercher le fichier rdv-info-déroulé. + - Chercher la chaîne `rdv-info`. diff --git a/intro/intro.md b/intro/intro.md index af02d74..3b840ca 100644 --- a/intro/intro.md +++ b/intro/intro.md @@ -17,10 +17,8 @@ toc-title: Table des matières ## Objectifs -Les objectifs annoncés pour l'introduction sont les suivants : - -- Quel intérêt ? Autrement dit, pourquoi se mettre à rédiger avec markdown ? -- Comment : syntaxe de base. +- Quel intérêt ? Pourquoi se mettre à rédiger avec markdown ? +- Comment : aperçu de la syntaxe de base. - Qu'attendre d'un éditeur de texte (pour rédiger avec markdown) ? - Bref aperçu des possibilités avancées : - Ensemble de notes. @@ -34,22 +32,249 @@ Les objectifs annoncés pour l'introduction sont les suivants : [cc-by-sa]: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/deed.fr "Texte de la licence en français" [sources]: https://git.milhit.ch/igor/rdv-info-markdown -## Pourquoi ? {#1st-section} +## Pourquoi ? [^0] {#1st-section} -Cette section repose essentiellement sur [@perretFormatTexte2022]. +Le plus important pour *ses* propres habitudes de travail est de trouver des +méthodes et des outils adaptés à *ses besoins*. Ci-dessous sont listés quelques +arguments en faveur de l'usage de la syntaxe markdown, mais aucune méthode ou +outil n'est *la* solution miracle pertinente dans *tous* les contextes. -- Les fichiers utilisés sont : - - Simples et légers. Rapides à ouvrir, faciles à sauvegarder, à synchroniser. - Permet une recherche dans le texte rapide. - - Indépendants de tout système d'exploitation et de logiciel. N'importe quel - éditeur de texte (le bloc note, notepad, TextEdit, etc.). - - Rend possible une gestion de version très performante (`git`). - - Donne de bonnes assurances pour la pérennité dans le temps (archivage). -- La syntaxe étant relativement simple et facile à mémoriser, l'édition de - markdown repose sur très peu de fonctionnalités du logiciel. Le bloc note - suffit parfaitement, même si un peu plus de confort est souhaitable. -- Cette syntaxe est utilisée par de nombreux logiciels ou services en lignes - pour la rédaction. Par exemple les notes dans Zotero ou alors des éditeurs en - ligne permettant le travail collaboratif. +L'information numérique est utile si elle est **structurée**. Un fichier PDF +bien conçu donne accès dans la barre latérale à la table des matières pour +faciliter la navigation. Cette structure s'obtient, par exemple, avec l'usage +cohérent des styles et des niveaux de titre dans un traitement de texte. La +syntaxe markdown est une autre méthode, surprenante au début, mais qui s'avère +particulièrement efficace.[^1] + +Markdown est une syntaxe qui permet, **simplement avec des éléments textuels**, +de structurer (niveau de titres) et de mettre en forme du texte. Cette +structure et cette mise en forme sont compréhensibles par des êtres humains et +par des programmes informatiques. Aussi, les documents rédigés à l'aide de +markdown peuvent soit être lus tels quels, soit être traités par un +programme pour afficher un « rendu » sous forme de page web, de document PDF ou +DOCX. + +La syntaxe markdown est relativement simple à apprendre et mémoriser. Aussi, la +rédaction au format markdown repose sur très peu de fonctionnalités du +logiciel. Le bloc note suffit, même si un peu plus de confort est souhaitable. + +Cette syntaxe est utilisée par de nombreux logiciels ou services en lignes pour +la rédaction. C'est le cas des notes dans Zotero ou d'éditeurs en ligne +adaptés au travail collaboratif ([HedgeDoc][hd], [HackMD][hm], etc.). + +Les fichiers utilisés ne sont composés que de caractères textuels. Aussi, ils +sont : + +- Simples et légers : + - Ne dépendent pas d'un logiciel spécifique, ni d'un système d'exploitation. + - Pourront être lus et édités dans n'importe quel contexte, et probablement + dans un avenir éloigné (pérennité). + - Rapides à ouvrir. Avec n'importe quel éditeur de texte (bloc note Windows, + Notepad++, TextEdit, Gedit, VIM, EMACS, etc.) + - Faciles à sauvegarder, copier, synchroniser, partager. + +Toujours grâce à leur nature textuelle, il est facile d'avoir des outils pour +rechercher (et remplacer) rapidement du texte au sein non seulement du fichier +ouvert, mais d'un ensemble de fichier dans un répertoire. \ +Il est même possible d'écrire des programmes pour modifier ou utiliser +automatiquement ces fichiers. Et il en existe justement beaucoup ! + +Grâce à ces propriétés, il est possible : + +- De prendre des notes au clavier rapidement, de manière structurée, et avec + une recherche interne efficace. +- De rédiger des documents simples ou complexes, petits comme une fiche de + notes ou volumineux comme une thèse. +- De regrouper un ensemble de notes dans un « bloc note » numérique et de + naviguer rapidement dans cet ensemble, de rechercher de l'information + facilement. +- De manière similaire, de regrouper un ensemble de fichiers pour constituer un + document complexe, comme un livre ou un article scientifique. +- Enfin de convertir à partir des même fichiers le document dans plusieurs + formats pour une diffusion sur le web, la lecture dans un PDF ou un ePub. + +Enfin, il y a deux arguments de *geek* : + +- Les fichiers textuels sont particulièrement adaptés pour en suivre + l'historique des modification (*versioning*), par exemple avec le logiciel + [Git][git]. +- Jouer avec markdown et les conversions dans de multiples format est vraiment + amusant, bien que parfois source de complications inutiles. 😅 + +[text]: https://www.arthurperret.fr/cours/format-texte.html +[hd]: https://hedgedoc.org/ +[hm]: https://hackmd.io/ +[git]: https://fr.wikipedia.org/wiki/Git "Article Wikipedia en français" + +## Comment ? + +La syntaxe markdown est très souvent expliquée sur le web : + +- La documentation « officielle » est disponible sur le site personnel d'un des + concepteurs de la syntaxe : + [@gruberMarkdown2004]. +- Le site *flus* propose Une documentation en français et très claire : + [@fressinaudGuideMarkdown2022]. +- Il y a plusieurs variantes de la syntaxe et un site essaie de proposer un + standard. Il met à disposition un tutoriel interactif : + [@commonmarkCommonMark]. +- Arthur Perret a traduit en français ce même tutoriel, disponible sur sa page + qui explique ce qu'est markdown : + [@perretMarkdown2022]. + +Pour les tableaux, il est fortement conseillé : + +- D'utiliser un générateur, par exemple + . +- Ou de disposer dans son éditeur d'un générateur de tableaux. + +Le plus souvent les fichiers contenant du markdown ont pour extension `.md`, +mais c'est une convention. Rien n'interdit d'utiliser d'autres extensions comme +`.mkdn` ou `.markdown`, pour autant que l'éditeur que vous utilisez les +reconnaissent comme du markdown. + +## Éditeurs + +Il existe beaucoup d'éditeurs pour rédiger en markdown. On peut les regrouper +en deux grandes catégories : + +1. Les éditeurs dédiés. +1. Les éditeurs généralistes. + +Dans les deux cas, des fonctionnalités de base qui sont presque +incontournables : + +- Une prévisualisation, le plus souvent sour la forme d'un *rendu* HTML. +- La possibilité de naviguer dans une arborescence de fichiers. +- Une autocomplétion, pour faciliter l'entrée de syntaxe avec des `[]` ou des + `()`. + +D'autres fonctionnalités ne sont pas indispensables, mais deviennent rapidement +assez utiles : + +- La correction orthographique pour les langues dans lesquelles vous rédigez. +- Un formatage automatique des tableaux. +- La possibilité de suivre les liens internes, au sein du même fichier ou entre + les fichiers d'un même répertoire. + +### Éditeurs dédiés + +Ce sont des logiciels conçu spécifiquement pour éditer des fichiers avec la +syntaxe markdown. Ils peuvent être sous la forme d'un logiciel à installer sur +votre appareil (ordinateur, tablette, téléphone) ou d'un service web. + +**Typora** est éditeur qui met l'accent sur son interface épurée. Il est disponible +pour tous les systèmes d'exploitation, payant. + +![Interface de GhostWriter][gw] + +**GhostWriter** est libre et gratuit, pour Windows et Linux +principalement.[^2] + +**Abricotine** est libre et gratuit, pour toutes les plateformes. + + +**iA Writer** est payant, pour MacOS et Windows, mais est très apprécié pour la +rédaction. Il permet de lier des notes entre elles et offre ainsi une +navigation dans un ensemble de fichiers. + +**Obsidian** est un logiciel propriétaire, pour toutes les plateformes. Il ne +se limite pas à l'édition de fichiers markdown, mais permet de constituer une +base de connaissance basée sur des notes, et cela de manière très complète. + + +![Interface de Zettlr][zettlr] + +**Zettlr** est libre et disponible pour tous les systèmes d'exploitation. Il +est destiné à un usage académique, que ce soit pour construire une base de +connaissance à partir de notes ou pour rédiger un travail de mémoire ou un +article scientifique. Il intègre Zotero pour la gestion des références. + +En ligne, on peut mentionner à nouveau le service [HackMD][hm] ou le logiciel +[HedgeDoc][hd] qui permet non seulement d'éditer des fichiers mardkown avec une +prévisualisation, mais également de le faire à plusieurs, de disposer d'un +suivi des modfications et de commenter. + +![Interface de l'éditeur HackMD][interface-hd] + +[interface-hd]: ../static/hackmd.png +[zettlr]: ../static/zettlr.png +[gw]: ../static/ghostwriter.png + +### Éditeurs généralistes + +*Généralistes* car ces éditeurs ne sont pas limités à l'édition de fichier +markdown. Le plus souvent, ce sont des *éditeurs de texte*, en général utilisés +par des développeurs pour écrire du code informatique. Normalement, ils +disposent d'un écosystème d'extensions afin de s'adapter à des besoins +spécifiques. De ce fait, ils sont très puissants. + +Ainsi, il est possible d'adapter à l'édition du markdown les éditeurs de texte +suivant, notamment : + +- Notepad++, libre et gratuit, pour Windows. +- Visual Studio Code, gratuit, pour Windows, MacOS, Linux. Un des logiciels les + plus utilisés actuellement. +- VIM ou neovim, libre et gratuit, pour tous les systèmes d'exploitation. +- EMACS, libre et gratuit. + +![Interface de Visual Studio Code][vscode] + +[vscode]: ../static/vscode.png + +## Aperçu des possibilités avancées + +### Ensemble de notes + +Afin d'organiser ses notes, il est possible de réunir un ensemble de fichiers +dans le même répertoires (y compris avec des sous répertoires) et de faire des +liens entre les fichiers (et même au sein d'un seul fichier). + +Certains éditeurs, ou certaines extensions d'éditeurs, proposent des facilités +pour générer ces liens, au prix d'une syntaxe *ad hoc*. Mais il est +parfaitement possible de le faire avec la syntaxe « normale » du lien. + +![Lien depuis le fichier `README.md` vers le fichier `points-a-ameliorer.md`][lienEntreFichiers] + +La figure 5 montre sur la gauche une arborescence de fichiers, avec +des sous-répertoires, et dans le fichier affiché (`README.md`), un lien vers le +fichier `points-a-ameliorer.md`. Dans cet éditeur, en plaçant le curseur sur le +lien et en tapant la touche « entrée », on ouvre le fichier cible. + +La figure 6 montre la recherche du terme `rdv-info` lancée sur la même +arborescence de fichiers que la figure 5, au moyen du logiciel Visual Studio +Code. Il y a 13 occurrences du terme dans 7 fichiers. Ce type de recherche est +facilité par le fait que ce sont des fichiers au format texte et se retrouve +dans la plupart des éditeurs généralistes de qualité. + +![Recherche dans Visual Studio Code][rechCode] + +### Export vers d'autres formats + +La conversion d'un document markdown en un autre format, plus simple à partager +devient assez vite utile. Pour les conversions, `pandoc` est l'outil le plus +souvent utilisé. Il est soit utilisé par votre éditeur pour faire les exports +(par exemple avec Zettlr), soit par vous même en ligne de commande. C'est un +logiciel libre et gratuit, développé très activement. + +Il est capable de lire et d'écrire dans un grand nombre de formats différents, +parfois à l'aide de logiciels spécifiques. Par exemple, pour produire un +fichier PDF, il peut utiliser plusieurs méthodes, dont LaTeX, ce qui suppose +d'en avoir une version installée. + +Le support de cours de cette introduction à markdown a été rédigée en markdown +et est exportée en PDF grâce à `pandoc` et à *Paged.js*.[^3] + +[lienEntreFichiers]: ../static/lien-entre-fichiers.png +[rechCode]: ../static/recherche-vscode.png ## Bibliographie + +[^0]: Cette section repose beaucoup sur la page [Format texte][text] +d'Arthur Perret [@perretFormatTexte2022]. +[^1]: Markdown n'est pas le seul langage de balisage léger existant, bien que +ce soit le plus répandu. D'autres sont encore plus robustes ou puissants, comme +*RestructuredText* ou *AsciiDoc*. +[^2]: Il semble possible de l'installer sur MacOS, mais n'est pas recommandé. +[^3]: Les sources et la méthode de conversion est disponible sur +. diff --git a/intro/references.bib b/intro/references.bib index 9d07810..7f271fc 100644 --- a/intro/references.bib +++ b/intro/references.bib @@ -14,7 +14,7 @@ langid = {english}, pmcid = {PMC8889237}, keywords = {ANOVA; Analysis of variance,AST; aspartate aminotransferase,CLSI; Clinical Laboratory Standards Institute,cmu,EHR; electronic health record,IFCC; International Federation of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine,LC-MS/MS; Liquid chromatography tandem mass spectrometry,LIS; Laboratory informatics system,markdown,Mixtools,non lu,pubmed,R markdown,R markdown tutorial,Reference interval,RI; reference interval,SDI; Standard deviation index,SDR; Standard deviation ratio,Testo; Testosterone,TukeyHSD; Tukey multiple pairwise-comparisons,z5; Critical z-score}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\YYP9JQTY\\Bunch_2022_Indirect reference intervals using an R pipeline.pdf} + file = {/home/igor/Zotero/storage/YYP9JQTY/Bunch_2022_Indirect reference intervals using an R pipeline.pdf} } @article{chapmanExpectedPosterioriScoring2022, @@ -34,7 +34,18 @@ langid = {english}, pmcid = {PMC9166925}, keywords = {cmu,markdown,non lu,pubmed,R markdown}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\7R2KLGBS\\Chapman_2022_Expected a posteriori scoring in PROMIS(®).pdf} + file = {/home/igor/Zotero/storage/7R2KLGBS/Chapman_2022_Expected a posteriori scoring in PROMIS(®).pdf} +} + +@online{commonmarkCommonMark, + title = {{{CommonMark}}}, + author = {CommonMark}, + url = {https://commonmark.org/}, + urldate = {2023-04-25}, + langid = {english}, + organization = {{CommonMark}}, + keywords = {non lu}, + file = {/home/igor/Zotero/storage/ESNTHT9H/commonmark.org.html} } @article{considineToolEncourageMinimum2019, @@ -53,7 +64,7 @@ langid = {english}, pmcid = {PMC6468746}, keywords = {cmu,data analysis,markdown,minimum guidelines,non lu,pubmed,R markdown,reporting,reproducibility}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\RSRUDDYS\\Considine_Salek_2019_A Tool to Encourage Minimum Reporting Guideline Uptake for Data Analysis in.pdf} + file = {/home/igor/Zotero/storage/RSRUDDYS/Considine_Salek_2019_A Tool to Encourage Minimum Reporting Guideline Uptake for Data Analysis in.pdf} } @article{daasDynamicPublicationMedia2022, @@ -71,7 +82,7 @@ abstract = {In this article we show how dynamic publication media and the COPASI R Connector (CoRC) can be combined in a natural and synergistic way to communicate (biochemical) models. Dynamic publication media are becoming a popular tool for authors to effectively compose and publish their work. They are built from templates and the final documents are created dynamically. In addition, they can also be interactive. Working with dynamic publication media is made easy with the programming environment R via its integration with tools such as R Markdown, Jupyter and Shiny. Additionally, the COmplex PAthway SImulator COPASI (http://www.copasi.org), a widely used biochemical modelling toolkit, is available in R through the use of the COPASI R Connector (CoRC, https://jpahle.github.io/CoRC). Models are a common tool in the mathematical biosciences, in particular kinetic models of biochemical networks in (computational) systems biology. We focus on three application areas of dynamic publication media and CoRC: Documentation (reproducible workflows), Teaching (creating self-paced lessons) and Science Communication (immersive and engaging presentation). To illustrate these, we created six dynamic document examples in the form of R Markdown and Jupyter notebooks, hosted on the platforms GitHub, shinyapps.io, Google Colaboratory. Having code and output in one place, creating documents in template-form and the option of interactivity make the combination of dynamic documents and CoRC a versatile tool. All our example documents are freely available at https://jpahle.github.io/DynamiCoRC under the Creative Commons BY 4.0 licence.}, langid = {english}, keywords = {*Software,*Systems Biology,cmu,COPASI,CoRC,Dynamic publication media,Jupyter,Kinetics,markdown,non lu,pubmed,R markdown,Systems biology}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\WJ5FCFZY\\Daas et al_2022_Dynamic publication media with the COPASI R Connector (CoRC).pdf} + file = {/home/igor/Zotero/storage/WJ5FCFZY/Daas et al_2022_Dynamic publication media with the COPASI R Connector (CoRC).pdf} } @unpublished{deletrazModeTexteMarkdown2022, @@ -87,17 +98,6 @@ keywords = {markdown,non lu,pandoc,Publication scientifique} } -@unpublished{eyssetteHttpsEyssetteForge2023, - title = {https://eyssette.forge.aeif.fr/marp-slides/slides/2022-2023/utiliser-le-markdown-pour-tout-faire}, - author = {Eyssette, Cédric}, - date = {2023}, - url = {https://eyssette.forge.aeif.fr/marp-slides/slides/2022-2023/utiliser-le-markdown-pour-tout-faire}, - urldate = {2023-04-17}, - langid = {fre}, - keywords = {non lu}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\I7CTE3X5\\utiliser-le-markdown-pour-tout-faire.html} -} - @online{eyssetteUtiliserMarkdownPour2023, type = {Mastodon post}, title = {Utiliser le Markdown pour tout faire.Le diaporama (fait en markdown bien sûr !) qui m'a servi de support lors de mon atelier pour la Journée…}, @@ -109,7 +109,18 @@ langid = {french}, organization = {{Mastodon}}, keywords = {fediverse,markdown,mastodon,non lu}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\7FYFNED6\\110158455766516456.html} + file = {/home/igor/Zotero/storage/7FYFNED6/110158455766516456.html} +} + +@unpublished{eyssetteUtiliserMarkdownPour2023a, + title = {Utiliser le markdown pour tout faire}, + author = {Eyssette, Cédric}, + date = {2023}, + url = {https://eyssette.forge.aeif.fr/marp-slides/slides/2022-2023/utiliser-le-markdown-pour-tout-faire}, + urldate = {2023-04-17}, + langid = {fre}, + keywords = {non lu}, + file = {/home/igor/Zotero/storage/I7CTE3X5/utiliser-le-markdown-pour-tout-faire.html} } @online{fressinaudGuideMarkdown2022, @@ -123,7 +134,7 @@ langid = {fre}, organization = {{flus}}, keywords = {documentation,markdown,non lu}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\96VGWVYV\\markdown.html} + file = {/home/igor/Zotero/storage/96VGWVYV/markdown.html} } @article{graysonMarkdownDynamicInterface2022, @@ -142,7 +153,7 @@ langid = {english}, pmcid = {PMC9487201}, keywords = {*Learning,*Students,Biology/education,cmu,Data visualization,Herd immunity,Humans,markdown,non lu,Pedagogy,pubmed,R markdown,Teaching programming}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\JQGHBHB5\\Grayson et al_2022_R Markdown as a dynamic interface for teaching.pdf} + file = {/home/igor/Zotero/storage/JQGHBHB5/Grayson et al_2022_R Markdown as a dynamic interface for teaching.pdf} } @online{gruberMarkdown2004, @@ -155,7 +166,7 @@ langid = {english}, organization = {{Daring Fireball}}, keywords = {documentation,markdown,non lu}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\J7WP5B3D\\markdown.html} + file = {/home/igor/Zotero/storage/J7WP5B3D/markdown.html} } @article{hershbergJBrowseRInterfaceJBrowse2021, @@ -175,7 +186,7 @@ langid = {english}, pmcid = {PMC8570803}, keywords = {*Genome,*Genomics,cmu,markdown,non lu,pubmed,R markdown,Software}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\LYEIF748\\Hershberg et al_2021_JBrowseR.pdf} + file = {/home/igor/Zotero/storage/LYEIF748/Hershberg et al_2021_JBrowseR.pdf} } @article{jaglaSCHNAPPsSingleCell2021, @@ -193,7 +204,7 @@ abstract = {Single-cell RNA-sequencing (scRNAseq) experiments are becoming a standard tool for bench-scientists to explore the cellular diversity present in all tissues. Data produced by scRNAseq is technically complex and requires analytical workflows that are an active field of bioinformatics research, whereas a wealth of biological background knowledge is needed to guide the investigation. Thus, there is an increasing need to develop applications geared towards bench-scientists to help them abstract the technical challenges of the analysis so that they can focus on the science at play. It is also expected that such applications should support closer collaboration between bioinformaticians and bench-scientists by providing reproducible science tools. We present SCHNAPPs, a Graphical User Interface (GUI), designed to enable bench-scientists to autonomously explore and interpret scRNAseq data and associated annotations. The R/Shiny-based application allows following different steps of scRNAseq analysis workflows from Seurat or Scran packages: performing quality control on cells and genes, normalizing the expression matrix, integrating different samples, dimension reduction, clustering, and differential gene expression analysis. Visualization tools for exploring each step of the process include violin plots, 2D projections, Box-plots, alluvial plots, and histograms. An R-markdown report can be generated that tracks modifications and selected visualizations. The modular design of the tool allows it to easily integrate new visualizations and analyses by bioinformaticians. We illustrate the main features of the tool by applying it to the characterization of T cells in a scRNAseq and Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing (CITE-Seq) experiment of two healthy individuals.}, langid = {english}, keywords = {*Sequence Analysis; RNA,*Single-Cell Analysis,*Software,CITE-Seq,cmu,Humans,Leukocytes; Mononuclear/*cytology/immunology,markdown,multi-omics data analysis,non lu,pubmed,R markdown,scRNA-seq,Shiny application}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\PEARJ76P\\Jagla et al_2021_SCHNAPPs - Single Cell sHiNy APPlication(s).pdf} + file = {/home/igor/Zotero/storage/PEARJ76P/Jagla et al_2021_SCHNAPPs - Single Cell sHiNy APPlication(s).pdf} } @article{kariyawasamDashboardstyleInteractivePlots2021, @@ -213,7 +224,7 @@ langid = {english}, pmcid = {PMC8693569}, keywords = {cmu,markdown,non lu,pubmed,R markdown}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\ZQD2WXNN\\Kariyawasam et al_2021_Dashboard-style interactive plots for RNA-seq analysis are R Markdown ready.pdf} + file = {/home/igor/Zotero/storage/ZQD2WXNN/Kariyawasam et al_2021_Dashboard-style interactive plots for RNA-seq analysis are R Markdown ready.pdf} } @online{pandocWritingThesisThinking2023, @@ -228,7 +239,7 @@ langid = {english}, organization = {{Mastodon}}, keywords = {fediverse,markdown,mastodon,non lu,pandoc,Publication scientifique}, - file = {C\:\\Users\\milhit\\Zotero\\storage\\T354LYSW\\110184589069297715.html} + file = {/home/igor/Zotero/storage/T354LYSW/110184589069297715.html} } @online{perretFormatTexte2022, @@ -248,7 +259,7 @@ [C]’est un fichier qui ne contient des caractères. 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